Precis som alla idrottare kan löpare drabbas av skador, och de repetitiva rörelserna inom löpning, liksom den belastning för knän och leder som de innebär, gör att vissa typer av skador är vanligare än andra.
Något som många löpare har råkat ut för är till exempel benhinneinflammation. Det yttrar sig som smärta i den nedre delen av skenbenet, antingen konstant eller bara när man springer. Benhinneinflammation innebär att benhinnorna har överbelastats på något sätt, till exempel genom att man faller inåt med foten när man springer, att man har utslitna löparskor, att man springer på för hårt underlag, att man har ökat intensiteten på sin träning för mycket, eller en kombination av flera av dessa faktorer. För att behandla benhinneinflammation gäller helt enkelt vila från träning tills smärtan har gått över. Därefter kan man börja springa igen, men man bör vidta åtgärder för att förhindra att samma problem uppstår igen, till exempel genom att köpa nya löparskor med inlägg, springa en ny löprunda (med mjukare underlag) eller anpassa träningsmängden.
En annan typ av skada, som till och med har fått sitt namn från löpning, är löparknä. Skadan kommer sig av att en av lårets senor glider över en benutväxt på knäts utsida. Om denna sena är för stel när man springer kan det leda till en inflammation i slemsäcken som smörjer knät. Detta leder till smärta i knät när man springer (särskilt i uppförs- och nedförsbackar), som i vissa fall kan vara så allvarlig att det känns som att en kniv sticks in i sidan av knät. Orsaken till att detta problem uppstår är att musklerna, senorna och lederna är stela, och därför rör sig i fel vinkel. För att undvika löparknä är det därför viktigt att värma upp ordentligt inför ett löparpass, och stretcha muskler och senor. Om man redan är drabbad gäller det att vila från löpningen, och stretcha de muskler som fäster i knät. Det kan vara en bra idé att konsultera en naprapat eller annan manuell terapeut för att få hjälp med återhämtningen.
Hälsporre är en annan vanlig löparskada, som inte bara påverkar löpningen negativt, utan hela ens vardag. Hälsporre känns nämligen som en mer eller mindre intensiv smärta i en punkt under hälens främre del, mot fotens insida. Det gör att det gör ont att gå överhuvudtaget, inte bara att löpa. För att behandla hälsporre bör man försöka vila foten så mycket som möjligt (man bör med andra ord definitivt inte springa) och massera hälsporren, till exempel genom att rulla en golfboll under foten. Anledningen till att hälsporre uppstår är ofta att man har tränat för intensivt under en längre period, eller att man har sprungit med dåliga skor på för hårt underlag.
Något annat som löpare lätt råkar ut för är urinvägsinfektion, eftersom de ofta springer utomhus året runt och i alla väderlekar. Det räcker med att de sätter sig ned för att återhämta sig på en kall bänk eller en kall sten för att skadan ska vara skedd.